SMA Nahdlatul Ulama 1 Gresik, didirikan oleh masyarakat dan warga NU yang dipelopori oleh Lembaga Pendidikan Maarif dan Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII) di Gresik, pada tanggal 3 Pebruari 1968. Peletakan batu pertama pembangunan gedung sekolah ini dilakukan oleh Bapak Dr. H. Idham Kholid dan Prof. KH. Saifuddin zuhri (PBNU).

Kegiatan pembelajaran pada masa-masa awal dilaksanakan di gedung Muallimat Sukodono Gresik (1968) kemudian berpindah di gedung MINU Trate Gresik (1969) dan baru tahun 1970, Proses belajar mengajar SMA NU 1 ini dilaksanakan di gedung sendiri yakni di Bedilan Gresik.

Pada periode pertama (1968 - 1977) SMA Nahdlatul Ulama ini dipimpin oleh Bapak Drs. H. Asnan Noer, MM. Dan murid pertama kelas 1 (satu) pada waktu itu berjumlah 12 orang, dengan dibantu 0leh 11 orang guru dan karyawan. Kondisi seperti itu berlangsung tanpa mengalami perkembangan berarti, bahkan pada tahun 1974 - 1976 SMA ini hampir tutup karena sedikitnya jumlah murid dan vakumnya kepemimpinan kepala sekolah, karena kepala sekolah pada waktu itu mendapat tugas keluar Jawa untuk waktu beberapa tahun. Setelah LP Maarif NU mengangkat kepala sekolah, guna menggantikan serta mengisi kekosongan jabatan kepala sekolah tersebut barulah keadaan sekolah ini terkondisikan.

Pada periode kedua ( 1977 - 1998 ) SMA NU dipimpin oleh Bapak H. Ali Usman, SH. Jumlah murid pada awal periode ini mencapai 100 orang dan terus meningkta sampai 900 orang siswa ( 1998). Perkembangan siswa ini diikuti oleh perkembangan yang lain, sehingga pada tahun 1996 SMA NU 1 ini memperoleh status DISAMAKAN dari Dirjen Dikdasmen. Pada tanggal 11 Juli 1998, Bapak H. Ali Usman, SH meninggal dunia, sehingga LP Maarif mengangkat Kepala sekolah baru untuk menggantikannya.

Pada peride ketiga (1998 - 2011) SMA NU 1 dipimpin oleh Bapak Drs. H.Z.Fuad Basyir, MA. Pada periode ini kondisi SMA NU 1 sudah cukup mapan namun terus berbenah diri mengikuti perkembangan sesuai dengan era otonomi pendidikan. Kini jumlah murid yang ada mencapai lebih dari 1000 orang dan terbagi dalam 29 lokal kelas, serta dibina lebih kurang 86 orang guru intrakurikuler dan 20 orang guru ekstrakurikuler serta lebih dari 20 orang karyawan. SMA NU 1 Gresik ingin mewujudkan sekolah yang diminati masyarakat karena prestasi dan kelebihannya. Prestasi yang didambakan.

Pada Periode keempat (2011 - sekarang) SMA NU 1 dipimpin oleh Bapak Drs. H. M. Nasihuddin, M.Pd. SMA NU 1 ini, lahir dari 2 (dua) sector, yaitu Akademik dan Non Akademik. Dari sector akademik, diupayakan berbagai macam cara dan metode baru baik system pembelajaran, media pembelajaran sampai meningkatkan kualitas guru pengajarnya, melalui pengiriman guru ke pelatihan-pelatihan sampai usaha menyekolahkan guru-guru ke jenjang yang lebih tinggi. Usaha lain yang dilakukan adalah menyiapkan kelas KHUSUS. Kelas ini didesain dengan system pembelajaran modern yang dilengkapi media dan perangkat pembelajaran seperti audio-visual dan bahkan fasilitas kelas ber AC dengan jam belajar mulai pukul 06.45 - 15.15 WIB. Disamping itu adanya seleksi calon siswa yang ketat termasuk seleksi guru pengajarnya. Dari sisi ini diharapkan lulusannya nanti mampu memiliki NEM yang tinggi dan dapat diterima di PTN favorit baik melalui PMDK maupun UMPTN/SPMB. Sedang untuk kelas reguler diupayakan mengikuti program kelas khusus tersebut.

Dari sector Non Akademik, diupayakan terbentuknya tim olahraga yang handal baik volley, basket, atletik maupun bela diri. Demikian pula terbentuknya group seni seperti Band, marching Band, Teater, dll.

Selain itu SMA NU 1 Gresik juga menyiapkan para siswanya memeiliki ketrampilan tertentu terutama komputer, sehingga mereka disamping memiliki ilmu juga keterampilan. Agar ditengah-tengah masyarakat nanti para alumnus SMA NU 1 Gresik dapat diterima dan bermanfaat, maka sekolah menyiapkan mereka dengan berbagai kegiatan keagamaan yang wajib diikuti, seperti : semaan Al-Qur'an, Dzikrul Ghofilin, Kajian Kitab Kuning, Khotmil Qur'an, Klinik Agama, dll.

Guna membantu para siswa terutama mereka yang kurang mampu, SMA NU 1 Gresik berupaya memberikan keringanan biaya, melalui pemberian Beasiswa baik dari bantuan pemerintah maupun dari para guru yang bersedia menjadi orang tua asuh.

Hal itu semua akan terwujud apabila apabila para siswa memiliki kesadaran dan kedisiplinan dalam melaksanakan tugas-tugasnya sebagai siswa dibarengi dengan keikhlasan guru dalam mengemban amanatnya serta tersedianya sarana dan prasarana yang dibutuhkan. Mudah-mudahan cita dan harapan sekolah dapat terwujud berkat adanya pengertian dan kerjasama yang baik antar sesama.